Tematyka prac magisterskich

Pracownia Chemii Kwantowej:

• Wyznaczanie stabilności elektronowej i właściwości fizykochemicznych anionów molekularnych

• Badanie stabilności superalkaliów

• Projektowanie supersoli

• Badanie struktury elektronowej nietypowych anionów molekularnych

Pracownia Modelowania Molekularnego:

• Obliczenia potencjałów średniej siły oddziaływań lokalnych w podjednostkach białek, kwasów nukleinowych i polisacharydów metodami dynamiki molekularnej oraz mechaniki kwantowej

• Obliczenia potencjałów średniej siły oddziaływń dalekozasięgowych pomiędzy podjednostkami białek, kwasów nukleinowych i polisacharydów metodą dynamiki molekularnej

• Parametryzacja gruboziarnistych pól siłowych do symulacji białek, kwasów nukleinowych i polisacharydów

• Opracowanie metody odbudowy peńoatomowch łańcuchów kwasów nukleinowych z reprezentacji gruboziarnistej NARES-2P

• Studia struktury peptydów biologicznie czynnych metodami fizycznymi (w tym NMR wspomagany metodami modelowania molekularnego) w relacji do ich aktywności biologicznych

• Modelowanie homologiczne receptorów sprzężonych z białkiem G

• Badanie oddziaływań receptor-ligand metodami dokowania molekularnego i dynamiki molekularnej

Pracownia Symulacji Polimerów:

• Teoretyczne przewidywanie właściwości fizyko-chemicznych dla cieczy jonowych

• Teoretyczne przewidywanie struktury filmu polimerowego oraz własciwości fizyko-chemicznych dla polimerów z rodziny parylen

• Badanie zależności struktura aktywność dla GPCR czy HtrA

• Teoretyczne przewidywanie struktury białek, kwasów nukleinowych lub polimerów cukrowych